商品名称:FlexiTube - GeneSolution
FlexiTube GeneSolution含有4条预选的siRNA,用于特定靶基因(各1 nmol)。FlexiTube GeneSolution使用多个siRNA研究一个靶基因,确保结果的可靠性。FlexiTube siRNA和FlexiTube GeneSolution使用创新的HP OnGuard siRNA设计,详情请参见QIAGEN GeneGlobe。
FlexiTube siRNA承诺提供一次性更换。如果订购了同一靶基因的多条FlexiTube siRNA,且至少2条未表现≥70%的基因抑制,QIAGEN将提供2条免费的额外siRNA,仅限一次。用户需要提供支持数据,以证明在适宜的转染条件下,siRNA未能成功地在mRNA水平抑制≥70%的靶基因。支持数据需要包括转染率数据,定量沉默数据以及≥70%的阳性对照抑制数据。该承诺自发货之日起6个月内有效。
数千条人类siRNA已经通过real-time RT-PCR验证,表现出至少70%的基因抑制。关于这些siRNA验证实验的详细信息和抑制水平信息,请参见GeneGlobe网站。这些经验证的siRNA均来自由QIAGEN科学家完成的世界最大规模的siRNA验证项目。如需该项目更多信息,请参见Krueger, U. et al. (2007) Insights into Effective RNAi Gained from Large-Scale siRNA Validation Screening. Oligonucleotides 17, 237.
QIAGEN在siRNA设计中的进步性,确保其高度创新且精良的HP OnGuard siRNA Design,能提供高效特异的siRNA。根据来自RNAi试验的数据建立极大容量的数据库,并在此基础上利用神经网络技术进行siRNAs设计,然后使用先进的、非冗余序列数据库和同源分析工具,检查该序列与同一基因组内其他序列的同源性。HP OnGuard siRNA Design具有许多独特先进的特性(见下表)。
特性 | 描述 | 参考 |
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神经网络技术 | 使用BioPredsi神经网络设计siRNA,依托于极大的RNAi数据库。 | 1-3 |
全球最大的siRNA验证项目 | 该项目提供的数据使设计过程更完善,QIAGEN科学家已通过成千上万的siRNA确认其效能。该项目证实大量药用基因组siRNA功能至少有70%可被抑制。 | 4 |
同源性分析 | 该分析使用专用工具以及最新的,非冗余序列数据库。 | |
Affymetrix基因芯片分析 | 基因组范围siRNA设计的创新性发展最大程度减少脱靶效应。 | |
最新的siRNA靶序列 | NCBI数据库的最新数据确保设计的准确性。 | |
不对称性 | 对siRNA的设计基于5’端碱基对的不等稳定性,使得有义链被降解的同时,反义链在5’端的结合度降低而进入RISC。利用不对称性可制备高度可用的siRNA,且大大降低了错误链进入RISC而导致脱靶效应的风险。 | 5, 6 |
3' UTR/seed区域分析 | 使用智能加权分析,多参数搜索与非目的靶标mRNA3’非编码区相匹配的siRNA反义链的源区域。 | 7-12 |
SNP位点屏蔽 | 采用RefSNP数据库排除单核苷酸多态(SNP)的siRNA,由于这种siRNA有效性不同从而提高了siRNA的效果。 | |
干扰素序列屏蔽 | 屏蔽掉可导致干扰素反应的多重序列基序siRNA,弃用含有这种基序的siRNA。 | 13, 14 |
研究表明siRNA反义链源区域与非目的靶标mRNA3’非编码区的匹配(见表),可能导致脱靶效应。siRNA双链的反义链上的2-7位是源区域,包括6个碱基。由于siRNA可模拟miRNA的作用,类似的匹配会促进非靶标mRNA的减少。使用QIAGEN设计的siRNA,与源自miRNA,siRNA和鼠RefSeq数据库的3’非编码区专利产品相配合,可对3’UTR/seed区进行分析研究。将每个siRNA与这些序列比对,检查任何可能导致miRNA类脱靶效应的同源序列。
siRNA源区域所有6个碱基与无关靶标3’非编码区序列完全匹配是常见情况,且无需除去这种siRNA。更罕见的是siRNA序列中出现源区域与10个或更多碱基同源匹配的情况,这种同源性很有可能导致脱靶效应,而这些siRNA可能因为与非靶标基因表现出更高的同源性而被弃用。
对于一些靶位点,很难选择到完全非同源性的siRNA。对于这种情况,非相关基因的EntrezGene ID可能是GeneGlobe提供的siRNA的非靶标基因。对这种类型同源性的关注并不意味这些基因一定会受到siRNA的影响,然而如有必要,后续分析中可以认定上述基因为潜在的非靶标基因。
FlexiTube siRNA提供冻干粉形态的siRNA,最小订购规格为1 nmol(最少订购4条siRNA),经济实用,还提供5 nmol和20 nmol的规格。
只需将详细的人类或小鼠基因信息输入GeneGlobe网站,即可获得适合目标基因的高效RNAi解决方案。搜索结果将显示FlexiTube GeneSolution,每个基因推荐4条1 nmol的siRNA。已发表的文献推荐进行重复性实验,以确保RNAi实验结果(Echeverri, C.J. et al. (2006) Minimizing the risk of reporting false positives in large-scale RNAi screens. Nat. Methods. 3, 777; Echeverri, C.J. and Perrimon, N. (2006) High-throughput RNAi screening in cultured cells: a user’s guide. Nature Reviews Genetics 7, 373)的准确性。在重复性实验中,使用靶定同一mRNA不同区域的不同siRNA来降低脱靶效应。siRNA交叉沉默转录物的具体型可能诱导脱靶表现型。由于该表现型直接来源于siRNA序列,因此不同序列siRNA共享同一序列来源脱靶效应的可能性非常低。使用多个不同siRNA确认一个表现型,以证实siRNA特异性的方法易于使用,且十分可靠。使用FlexiPlate GeneSolution可开展人类和小鼠基因的重复性实验。QIAGEN推荐对每个基因使用siRNA,如此则实验所需的最佳解决方案将触手可及。
所有siRNA序列信息在购买siRNA时均免费附赠。完整序列信息可用于实验结果分析和抑制验证。如有需要,siRNA序列信息可用于研究报告中。
FlexiTube siRNA的20 nmol规格可提供标记,包括Alexa Fluor、荧光素、罗丹明、Cy3和Cy5染料,或氨基酸接头、硫代接头和磷酸盐修饰等修饰选择。
对于低通量和高通量siRNA转染,分别推荐使用HiPerFect Transfection Reagent和HiPerFect HTS Reagent。
FlexiTube siRNA和FlexiTube GeneSolution是分析少量靶基因的理想产品,适用于功能基因组学和通路分析。