商品名称:FlexiPlate siRNA Set 0.25 nmol / well
FlexiPlate siRNA是高度灵活的RNAi筛选工具。根据靶基因可选择每孔0.1 nmol、0.25 nmol或1 nmol的96孔板规格,以及每孔0.1 nmol或0.25 nmol的384孔板规格。可在GeneGlobe选择siRNA,并定义孔板排列方式,十分灵活便利。并可得到很多基因家族的siRNA列表。siRNA通过HP OnGuard siRNA Design设计,该方法结合神经网络技术,专有的同源性分析技术以及多项先进功能,例如3' UTR/seed region分析、序列不对称性分析、SNP位点屏蔽、干扰素序列屏蔽等。
QIAGEN在siRNA设计中的进步性,确保其高度创新且精良的HP OnGuard siRNA Design,能提供有效特异的siRNA。根据来自RNAi试验的数据建立极大容量的数据集,并在此基础上利用神经网络技术进行siRNAs设计,然后使用先进的、非冗余序列数据库和同源分析工具,检查该序列与同一基因组内其他序列的同源性。HP OnGuard siRNA Design具有许多独特先进的特性(见下表)。
特性 | 描述 | 参考 |
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神经网络技术 | 使用BioPredsi神经网络设计siRNA,依托于极大的RNAi数据库。 | 1-3 |
全球最大的siRNA验证项目 | 该项目提供的数据使设计过程更完善,QIAGEN科学家已通过成千上万的siRNA确认其效能。该项目证实大量药用基因组siRNA功能至少有70%可被抑制。 | 4 |
同源性分析 | 该分析使用专用工具以及最新的,非冗余序列数据库。 | |
Affymetrix基因芯片分析 | 基因组范围siRNA设计的创新性发展最大程度减少脱靶效应。 | |
最新的siRNA靶序列 | NCBI数据库的最新数据确保设计的准确性。 | |
不对称性 | 对siRNA的设计基于5’端碱基对的不等稳定性,使得有义链被降解的同时,反义链在5’端的结合度降低而进入RISC。利用不对称性可制备高度可用的siRNA,且大大降低了错误链进入RISC而导致脱靶效应的风险。 | 5,6 |
3' UTR/seed区域分析 | 使用智能加权分析,多参数搜索与非目的靶标mRNA3’非编码区相匹配的siRNA反义链的源区域。 | 7-12 |
SNP位点屏蔽 | 采用RefSNP数据库排除单核苷酸多态(SNP)的siRNA,由于这种siRNA有效性不同从而提高了siRNA的效果。 | |
干扰素序列屏蔽 | 屏蔽掉可导致干扰素反应的多重序列基序siRNA,弃用含有这种基序的siRNA。 | 13,14 |
研究表明siRNA反义链源区域与非目的靶标mRNA3’非编码区的匹配(见表),可能导致脱靶效应。siRNA双链的反义链上的2-7位是源区域,包括6个碱基。由于siRNA可模拟miRNA的作用,类似的匹配会促进非靶标mRNA的减少。使用QIAGEN设计的siRNA,与源自miRNA,siRNA和鼠RefSeq数据库的3’非编码区专利产品相配合,可对3’UTR/seed区进行分析研究。将每个siRNA与这些序列比对,检查任何可能导致miRNA类脱靶效应的同源序列。
siRNA源区域所有6个碱基与无关靶标3’非编码区序列完全匹配是常见情况,且无需除去这种siRNA。更罕见的是siRNA序列中出现源区域与10个或更多碱基同源匹配的情况,这种同源性很有可能导致脱靶效应,而这些siRNA可能因为与非靶标基因表现出更高的同源性而被弃用。
对于一些靶位点,很难选择到完全非同源性的siRNA。对于这种情况,非相关基因的EntrezGene ID可能是GeneGlobe提供的siRNA的非靶标基因。对这种类型同源性的关注并不意味这些基因一定会受到siRNA的影响,然而如有必要,后续分析中可以认定上述基因为潜在的非靶标基因。
FlexiPlate siRNA通过筛查实验设计RNAi,以满足特定需求。可按需选择用于阳性和阴性对照的用于任意人类或鼠基因的siRNA使用FlexiPlate siRNA可设计RNAi筛选实验,满足不同需求。可选择任何人类或小鼠基因的siRNA以及所需的阳性或阴性对照。网页界面友好,可任意排列siRNA和其对照在96孔板或384孔板中的位置,或使用多种预设的排列方式设置孔板的位置。siRNA具有0.1 nmol、0.25 nmol或1 nmol的规格以供订购;可按需进行小量或大量siRNA筛查,节省开支。96孔板的规格包括0.1 nmol、0.25 nmol或1 nmol。384孔板的规格包括0.1 nmol或0.25 nmol。
使用GeneGlobe数据库可方便的搜索您感兴趣的siRNA,并根据筛查实验设置孔板布局。可上传基因名称、Entrez Gene ID、RefSeq ID、siRNA名称或货号,快速方便实现孔板的订购,可立即订购或保存起以备后用。板式可下载到本地以供记录。
FlexiPlate siRNA适用于多种RNAi应用: